Badan Keuangan Daerah Kota Kupang awalnya berdiri dengan nomenklatur Dinas Pendapatan Daerah Kota Kupang, yang selanjutnya disingkat Dispenda Kota Kupang, merupakan entitas koordinator dan Pengelola Pendapatan Asli Daerah (PAD) Kota Kupang. Dinas ini awalnya terbentuk berdasarkan Keputusan Menteri Dalam Negeri Republik Indonesia Nomor KUPD. 7/12/A-101 Tahun 1978.
Awalnya Dinas Pendapatan Daerah Kota Kupang berstatus sebagai Suku Dinas Pendapatan Daerah Kota Administratif Kupang dan dalam tugasnya melakukan kegiatan penagihan Pendapatan Asli Daerah dan IPEDA pada tahun 1980 s/d 1992 Nama IPEDA di ubah menjadi Pajak Bumi dan Bangunan (PBB) yang saat itu masih bergabung dengan Dinas Pendapatan Daerah Kabupaten Kupang. Selanjutnya status Suku Dinas Pendapatan Daerah Kota Administratif Kupang diganti menjadi Cabang Dinas Pendapatan Daerah Kota Administratif Kupang pada tahun 1983 s/d 1996 yang dalam tugasnya menangani penagihan PAD dan PBB dari tahun 1992 s/d saat ini.
Cabang Dinas diganti nama lagi menjadi Dinas Pendapatan Kota Madya Kupang pada tahun 1996 s/d 1998 diganti menjadi Dispenda Kota Kupang tahun 1998 s/d 2008 diganti lagi menjadi Dispenkeu Kota Kupang pada tahun 2008 s/d Maret 2014 s/d Desember 2016 menjadi Dinas Pendapatan Daerah Kota Kupang dan diganti nama Dispenda menjadi Badan Keuangan Daerah Kota Kupang yang tetap dalam menangani dana kepengurusan APBD dan pendapatan Asli Daerah,Keuangan serta Aset lainnya.
Sejak pembentukan Kota Administratif Kupang menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Kupang sesuai Undang – Undang Nomor 5 Tahun 1996 maka terbentuk Dinas Pendapatan Daerah Kota Kupang dengan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I NTT Nomor 20 Tahun 1996. Pada perkembangannya diatur lebih lanjut dengan Peraturan Daerah Kota Kupang Nomor 34 Tahun 2002 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas dan Lembaga Teknik Daerah Kota Kupang, diubah lagi dengan Perda no. 06 tahun 2008 tantang Organisasi dan Tata Laksana Dinas- Dinas dan diubah lagi dengan Perda Nomor; 04 tahun 2013 sekaligus memberi Porsi Tanggung Jawab Dalam Pemungutan Pajak Bumi dan Bangunan (PBB) dan PAD di wilayah Kota Kupang yang bekerja sama dengan Kantor Pelayanan Pajak Pratama Kupang. dan Selanjutnya pada tahun 2013 PBB-P2 dialihkan menjadi Pajak Daerah Kota Kupang sampai sekarang.
Nama - nama Pejabat yang memimpin Dinas Pendapatan Daerah Kota Kupang dari tahun 1980 hingga sekarang :
1.
Yohanes Pah Pena
Suku Dinas Pendapatan Kota Administratif
[1980-1983]
2.
Drs. J. V. Nenobahan, SH
Cabang Dinas Pendapatan Daerah Kabupaten Kupang sampai tahun 1996 menjadi Dinas Pendapatan Daerah Kota Madya Kupang
[1983-1998]
3.
Jonas Salean, SH, M.Si
Dispenda Kota Kupang
[1998-2001]
4.
Winestra E. Manuhutu, S.IP
Dispenda Kota Kupang
[2001-2004]
5.
Yohanes Baker, SH
Dispenda Kota Kupang
[2004-2005]
6.
Drs. Jacob L. Tokoh, M.Si
Dispenda Kota Kupang
[2005-2008]
7.
Drs. Noldi Dethan
Dispenkeu Kota Kupang
[2008-2010]
8.
Dra. Esther Muhu
Plt. Dispenkeu Kota Kupang
[Feb 2010-Jun 2010]
9.
Alfred A. Lakabela, S.Pd, M.Pd
Dispenkeu Kota Kupang
[Jun 2010-Mar 2013]
10.
Drs. Ferdinandus D. Lehot
Dispenkeu Kota Kupang
[Mar 2013-Jun 2013]
11.
Drs. Jacob L. Tokoh, M.Si
Plt. Dispenkeu Kota Kupang
[Jun 2013-Mar 2014]
12.
Jeffry Edward Pelt, SH
Dispenda Kota Kupang
[Mar 2014-Des 2016]
13.
Jeffry Edward Pelt, SH
Badan Keuangan Daerah
[Des 2016-sekarang]